印度墨水是一种用于生物染色的微粒型悬浮染料，广泛应用于微生物学与病理学实验室。在微生物检测中，印度墨水常用于对含微生物样本的载玻片进行负染处理。该技术使背景着色而菌体保持透明，清晰地呈现细胞轮廓，因此称为负染色法。

除背景染色外，印度墨水还可用于评估细菌或真菌是否具有胶状荚膜结构。在临床微生物学实验室，印度墨水的常规应用之一是确认具荚膜的酵母菌——隐球菌属（Cryptococcus）的形态特征。

在病理学实验室，印度墨水亦被用于外科切除组织的标本标记，通过在手术切缘涂染，协助技术人员维持标本的原始定向性，并明确肿瘤切除边缘的边界，从而支持病理评估的方向判断。