MitoTracker® Green FM 是一种细胞膜通透性的氯甲基碳菁类衍生物，Ex/Em = 490/523 nm。其在水溶液中几乎无自发荧光，仅在线粒体脂质微环境中被特异性激发，背景极低，信噪比优异。探针通过被动跨膜方式进入活细胞，靶向富集于功能性线粒体，简易孵育即可完成标记，无需洗脱，适用于即时显微观测。

区别于传统膜电位依赖性探针（如TMR、罗丹明123），该探针的线粒体定位不依赖膜电位，可避免因膜电位耗竭或固定透化处理导致的探针洗脱与信号丢失，适用于线粒体质量的精准定量分析。但其不耐受醛类固定处理，固定后荧光稳定性下降，故仅推荐用于活细胞动态成像与原位检测，及多重荧光共定位实验。